機動戦士ガンダム００ファーストシーズンから、半年の期間を空ける2期制を導入したのは、商業的な事情によるものであるが、ストーリー的にも５年後の物語とすることは、かつて同じサンライズ制作のアニメ「SPT蒼き流星レイズナー」で取り入れた手法を模している。従来のガンダムシリーズでは、中盤以降の展開となるためか、初期話数からファーストシーズンでは、謎とされていた部分が、次々と明らかになっていく展開となっている。

西暦2312年、ソレスタルビーイングの武力介入がきっかけとなり、樹立された地球連邦政府は、地球統一のため、独立治安維持部隊アロウズを使って、武力による非道な弾圧を行っていた。反地球連邦組織カタロンが、抵抗運動を行うが、疑似太陽炉搭載型MSを有するアロウズの圧倒的な武力に、ソレスタルビーイングは、打倒アロウズのために、再び新しいガンダムで、武力介入を開始した。ガンダムを凌駕するツインドライヴシステムを持つダブルオーが遂に起動した。